生態廁所的功能歸納起來有以下幾點
（1）糞污無害化
糞尿中含有大量的有機物、惡臭及致病微生物，通過環境工程等手段，使這些污染物得到妥善處理，最終將糞污無害化，在達到環境許可的條件后，排入周圍環境，不對環境造成破壞。
（2）糞污資源化
糞污中含有大量的有機物和豐富的N、P、K等肥效成份。通過特殊的處理回收手段，在糞尿無害化的同時，回收其中有效成份是目前制肥是主要利用手段之一。另一個重要方面是回收糞尿中的水份。糞尿中70％以上是水份，通過處理，可以使這些污水達到很高的水質標準，甚至可以供人飲用。
（3）廁所的移動性和普遍適用性
生態廁所不僅可以建成固定式的結構。另外由于其配套處理設施小巧，對外界的依賴除電力外，幾乎沒有，因此具有可移動的特點，是移動型和臨時性廁所的首選。生態廁所在使用功能上與傳統廁所相同，增加的凈化單元不僅可以與新型廁所組成一個有機整體，而且可以用在現有廁所的改造和更新上凈化處理單元與現有廁所可以很方便地結合起來，實現現有廁所的升級換代。
